公司能否直接从员工工资中扣除赔偿款？

根据《工资支付暂行规定》第16条，如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并且可以从员工的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。