分公司被注销后,与员工劳动关系可以适用法定终止情形。根据《劳动合同法》第四十四条的规定,有下列情形之一的,劳动合同终止:
1. 劳动合同期满的;
2. 劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的;
3. 劳动者死亡,或者被人民法院宣告死亡或者宣告失踪的;
4. 用人单位被依法宣告破产的;
5. 用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的;
6. 法律、行政法规规定的其他情形。
因此,分公司被注销后,与员工劳动关系可以适用法定终止情形。在这种情况下,用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
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